[Galaxy-france] upload SRA format dans galaxy

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[Galaxy-france] upload SRA format dans galaxy

Christophe Antoniewski-2
Bonsoir,

De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA.
Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy.
J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework...
Peut-être avez vous une solution  à ce petit soucis ?

Christophe

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Christophe Antoniewski

Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement

9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
75252 Paris Cedex 05

Tel +33 1 44 27 34 39
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Re: upload SRA format dans galaxy

Christophe Antoniewski-2
OK merci, en effet cela m'aide beaucoup !
Il ne reste plus qu'à espérer que l'EBI fasse toujours la conversion fastq, et que tous les fichiers sra soit dans EBI (je n'ai pas de contre exemple pour le moment, c'est vrai).
Cela dit, entre temps j'ai regardé les échanges sur ce problème et je ne comprends pas trop pourquoi le format sra n'est pas implémenté puisque il existe un wrapper de fastq-dump sur le toolshed principal.... Un truc a du m'échapper.

En attendant, vive l'EBI !

Chris


Le 29 novembre 2012 23:29, saci zohra <[hidden email]> a écrit :
Bonsoir,
Il est possible de télécharger les données directement fastq dans Galaxy à partir Get data puis directement sur le site de l'EBI.
J'espère que ça vous aidera
Zohra

Le 29/11/2012 23:17, Christophe Antoniewski a écrit :
Bonsoir,

De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA.
Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy.
J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework...
Peut-être avez vous une solution  à ce petit soucis ?

Christophe

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