[Galaxy-france] repertoire

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[Galaxy-france] repertoire

armougom
Bonjour,

pour asembler du 16S paired end Miseq via Qiime sour Galaxy & il faut
passer un repertoire (contenant les fichiers R1 et R2)
au programme  multiple_join_paired_ends.py de Qiime. Probleme je
n'arrive pas a uploader un repertoire. Comment faire??
j'ai essayer de creer une librairie, une collection mais rien n'y fait
ca n'est pas vu comme un repertoire par le programme, j'aicette erreur
systematiquement :

Error in multiple_join_paired_ends.py: option -i: not a directory (can't be a file!): 'multiple_join_paired_ends_input'

Merci pour l'aide
Fabrice
_______________________________________________
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Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifie  l'adresse:
 http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
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Re: repertoire

Gildas Le Corguille
Bonjour,

C'est un wrapper que tu écris toi même ou un wrapper du toolshed ?

Dans le permier cas, tu peux gérer ton upload avec un archive et dézippé
dans ton script.
Si ça t'intéresse, il te faudra utiliser le datatype joint pour dire à
Galaxy de ne pas dézippé les zip "multi-fichier"

Gildas



Le 14/04/2015 18:51, armougom a écrit :

> Bonjour,
>
> pour asembler du 16S paired end Miseq via Qiime sour Galaxy & il faut
> passer un repertoire (contenant les fichiers R1 et R2)
> au programme  multiple_join_paired_ends.py de Qiime. Probleme je
> n'arrive pas a uploader un repertoire. Comment faire??
> j'ai essayer de creer une librairie, une collection mais rien n'y fait
> ca n'est pas vu comme un repertoire par le programme, j'aicette erreur
> systematiquement :
>
> Error in multiple_join_paired_ends.py: option -i: not a directory
> (can't be a file!): 'multiple_join_paired_ends_input'
>
> Merci pour l'aide
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