[Galaxy-france] outils dans Galaxy

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[Galaxy-france] outils dans Galaxy

Alois GARAUD
Bonjour,

Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à  
utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed  
(http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository?repository_id=430d510d851ae816). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je  
procéder?

Merci beaucoup

Aloïs

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Re: outils dans Galaxy

Christophe Antoniewski-2
Bonjour Alois,

Nous avons pas mal travaillé sans succès pour inclure miRdeep2 dans notre serveur (http://134.157.184.144/galaxy)... et finalement mirdeep* est sorti qui lui s'est beaucoup mieux laissé emballer dans du xml...
Ce n'est pas encore en configuration de production mais, mais passe me voir (je vois que tu n'es pas loin à ton mail ?) et je te montrerai directement.
Note : mirdeep* est un dérivé amélioré de mirdeep2. Voir An, J., Lai, J., Lehman, M.L., and Nelson, C.C. (2013). miRDeep*: an integrated application tool for miRNA identification from RNA sequencing data. Nucleic Acids Res. 41, 727–737.

Christophe


Christophe Antoniewski


Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biologie du Développement
9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
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Tel +33 1 44 27 34 39
Fax +33 1 44 27 34 45
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Le 14 mars 2014 16:53, Alois GARAUD <[hidden email]> a écrit :
Bonjour,

Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed (http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository?repository_id=430d510d851ae816). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je procéder?

Merci beaucoup

Aloïs

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