[Galaxy-france] fichiers vides

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[Galaxy-france] fichiers vides

Julie Nocq
Bonjour,

J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?

Merci,

Julie

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Re: fichiers vides

Victoria D Bohler
Bonjour Julie,

Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.

Cordialement,

Victoria

2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <[hidden email]>:
Bonjour,

J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?

Merci,

Julie

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Re: fichiers vides

Philippe Moncuquet
Bonjour,

Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log

Le conseil de Victoria semble egalement valide. 

Philip 

Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <[hidden email]> a écrit :
Bonjour Julie,

Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.

Cordialement,

Victoria

2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <[hidden email]>:
Bonjour,

J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?

Merci,

Julie

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Re: fichiers vides

Julie Nocq
Bonjour,

Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément! 

Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin.

Encore une fois, merci beaucoup!

Julie

Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <[hidden email]> a écrit :
Bonjour,

Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log

Le conseil de Victoria semble egalement valide. 

Philip 

Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <[hidden email]> a écrit :

Bonjour Julie,

Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.

Cordialement,

Victoria

2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <[hidden email]>:
Bonjour,

J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?

Merci,

Julie

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Re: fichiers vides

Julie Nocq
Bonjour,

Super!! Merci beaucoup!!

Le 4 novembre 2014 09:56, Lermine Alban <[hidden email]> a écrit :
Salut,

Je te joins un outil Galaxy qui va permettre à un user ordinaire de créer une librairie lui appartenant à partir d'un path local.
Cet outil est un peu particulier car il utilise une clef d'API Admin pour fonctionner (attention dans le cadre d'une instance de production, cela peut être potentiellement dangereux).

Pour faire fonctionner l'outil, il faut éditer le fichier createLibraryForCurrentUser.py et ajouter les valeurs correspondantes aux lignes:

36 #API var
37
38 api_key = ''
39 galaxy_url = ''

ex:

36 #API var
37
38 api_key = 'kjhj12123JIOJOJ'
39 galaxy_url = 'http://127.0.0:8080'

++,

Alban



De : [hidden email] [[hidden email]] de la part de Julie Nocq [[hidden email]]
Envoyé : mardi 4 novembre 2014 09:30
À : [hidden email]
Objet : Re: [Galaxy-france] fichiers vides

Bonjour,

Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément! 

Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin.

Encore une fois, merci beaucoup!

Julie

Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <[hidden email]> a écrit :
Bonjour,

Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log

Le conseil de Victoria semble egalement valide. 

Philip 

Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <[hidden email]> a écrit :

Bonjour Julie,

Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.

Cordialement,

Victoria

2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <[hidden email]>:
Bonjour,

J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?

Merci,

Julie

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