[Galaxy-france] [bioinfo] offre CDD INRA Versailles - developpement chaine de traitements RnaSeq sous Galaxy - France Genomique (fwd)

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Date: Tue, 11 Sep 2012 13:10:09 +0200
From: Delphine Steinbach <[hidden email]>
To: [hidden email]
Subject: [bioinfo] offre CDD INRA Versailles - developpement chaine de
     traitements RnaSeq sous Galaxy - France Genomique

Bonjour,

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La plateforme bioinformatique de l'URGI, unité INRA de recherches en génomique
info (31 bioinformaticiens dont 20 permanents INRA) dédiée à la génomique et à
la génétique des plantes et de ses bioagresseurs (Champignons)
http://urgi.versailles.inra.fr, recherche 1 ingénieur en développement
d’applications pour développer des chaines de traitement de données de type NGS
dédiées à l'analyse de données d'expression de type RNASeq, sous environnement
Galaxy.

Contexte:
Les services de la plateforme, couvrent la conception de bases de données, le
développement logiciel (interface et pipeline d’analyses), l’intégration de
données, le support et la formation. Elle participe à de nombreux projets et
consortium d’envergure nationale et internationale

La plateforme développe pour ses collaborateurs, plusieurs types de logiciels
d'analyse: 1) des logiciels d'analyse dédiés à l'analyse des génomes,
annotations de gènes au niveau structural et fonctionnel, 2) des logiciels de
détection et de classifications d'éléments transposables (REPET), 3) des
logiciels de détection de polymorphismes de séquences et met à disposition
certains de ces outils dans l'environnement Galaxy, par exemple Galaxy-MapHits,
4) des développement de chaines de traitement d'analyse RNASeq (outil S-Mart et
Galaxy-SMart) et 5) plusieurs autres workflows d'analyse sur Galaxy, dont un
encore en l'état de prototype sur la thématique RNASeq, qu'il reste à faire
évoluer pour gérer de nouvelles fonctionalités, par exemple le rendre
accessible en environnement cluster sur de gros jeux de données.

Poste :
La personne sera recrutée dans le cadre du projet France-Génomique, financé
dans le cadre de l'investissement d'avenir "Infrastructures nationales en
biologie et santé". Ce projet est un projet d'envergure nationale qui regroupe
les plateformes de séquençage productrices des données et des plateformes
bioinformatiques du réseau national des plateformes bioinformatiques RENABI.

Le candidat sera chargé de développer des chaines de traitements d'analyse et
des workflows dédiés à l'analyse de données RNASeq, il participera notamment au
développement de workflows d'analyses d'expression différentielle à partir de
données NGS RnaSeq: il recherchera en relation avec les utilisateurs
commanditaires, les composants, les outils existants les plus adaptés au
traitement, les enchainera sous forme de workflow sur Galaxy et les mettra en
environnement de production (Cluster de calcul). Il les testera sur des
données, fera les analyses nécessaires à la mise au point de ces pipelines et
participera à des actions de formation des utilisateurs à ces workflows.

La personne recrutee travaillera etroitement en collaboration avec un autre CDD
déjà recruté sur la plateforme URGI dans le cadre d'un projet en cours
RENABI-Aplibio. Il étendra le travail d'intégration des outils et des workflows
sur cette thématique pour transformer le prototype actuel en outil robuste
applicable au grand échelle.

Ce travail se fera via l'animation du projet France genomique, en collaboration
au niveau national avec les autres plateformes bioinformatiques impliquées dans
le projet France Genomique (notamment ebio à Orsay, Daniel Gautheret) et le
lirmmm (Eric Rivals) ainsi que les plateformes de séquençage productrice des
données.

Compétences : environnement UNIX/LINUX
Environnement de développement: Linux. Mise en production du workflow sur
cluster de calcul.

Languages : Python, ou Perl

Expérience en développement de pipelines d'analyses sur des données de type
NGS: au moins 6 mois (stage au minimum) requis.

Expérience en développement en environnement Galaxy ou expérience en
développement de chaines en analyse de données et en particulier d'analyse
d'expression serait un plus

bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe

maîtrise de l’anglais technique du domaine.

Formation : Master2 (bioinformatique, informatique) ou Ecole d’ingénieur.

Lieu de travail du poste *** : INRA-URGI (http://urgi.versailles.inra.fr/) sur
le centre INRA de Versailles (http://www.versailles.inra.fr).

** Durée : 12 mois


** Ce poste est à pourvoir à partir d'octobre 2012 ***

** Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer en format
électronique à ** toutes ** les personnes suivantes:
[hidden email], [hidden email],
[hidden email]

--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france