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---------- Forwarded message ---------- Date: Tue, 11 Sep 2012 13:10:09 +0200 From: Delphine Steinbach <[hidden email]> To: [hidden email] Subject: [bioinfo] offre CDD INRA Versailles - developpement chaine de traitements RnaSeq sous Galaxy - France Genomique Bonjour, ************************************************************************************************************************* La plateforme bioinformatique de l'URGI, unité INRA de recherches en génomique info (31 bioinformaticiens dont 20 permanents INRA) dédiée à la génomique et à la génétique des plantes et de ses bioagresseurs (Champignons) http://urgi.versailles.inra.fr, recherche 1 ingénieur en développement d’applications pour développer des chaines de traitement de données de type NGS dédiées à l'analyse de données d'expression de type RNASeq, sous environnement Galaxy. Contexte: Les services de la plateforme, couvrent la conception de bases de données, le développement logiciel (interface et pipeline d’analyses), l’intégration de données, le support et la formation. Elle participe à de nombreux projets et consortium d’envergure nationale et internationale La plateforme développe pour ses collaborateurs, plusieurs types de logiciels d'analyse: 1) des logiciels d'analyse dédiés à l'analyse des génomes, annotations de gènes au niveau structural et fonctionnel, 2) des logiciels de détection et de classifications d'éléments transposables (REPET), 3) des logiciels de détection de polymorphismes de séquences et met à disposition certains de ces outils dans l'environnement Galaxy, par exemple Galaxy-MapHits, 4) des développement de chaines de traitement d'analyse RNASeq (outil S-Mart et Galaxy-SMart) et 5) plusieurs autres workflows d'analyse sur Galaxy, dont un encore en l'état de prototype sur la thématique RNASeq, qu'il reste à faire évoluer pour gérer de nouvelles fonctionalités, par exemple le rendre accessible en environnement cluster sur de gros jeux de données. Poste : La personne sera recrutée dans le cadre du projet France-Génomique, financé dans le cadre de l'investissement d'avenir "Infrastructures nationales en biologie et santé". Ce projet est un projet d'envergure nationale qui regroupe les plateformes de séquençage productrices des données et des plateformes bioinformatiques du réseau national des plateformes bioinformatiques RENABI. Le candidat sera chargé de développer des chaines de traitements d'analyse et des workflows dédiés à l'analyse de données RNASeq, il participera notamment au développement de workflows d'analyses d'expression différentielle à partir de données NGS RnaSeq: il recherchera en relation avec les utilisateurs commanditaires, les composants, les outils existants les plus adaptés au traitement, les enchainera sous forme de workflow sur Galaxy et les mettra en environnement de production (Cluster de calcul). Il les testera sur des données, fera les analyses nécessaires à la mise au point de ces pipelines et participera à des actions de formation des utilisateurs à ces workflows. La personne recrutee travaillera etroitement en collaboration avec un autre CDD déjà recruté sur la plateforme URGI dans le cadre d'un projet en cours RENABI-Aplibio. Il étendra le travail d'intégration des outils et des workflows sur cette thématique pour transformer le prototype actuel en outil robuste applicable au grand échelle. Ce travail se fera via l'animation du projet France genomique, en collaboration au niveau national avec les autres plateformes bioinformatiques impliquées dans le projet France Genomique (notamment ebio à Orsay, Daniel Gautheret) et le lirmmm (Eric Rivals) ainsi que les plateformes de séquençage productrice des données. Compétences : environnement UNIX/LINUX Environnement de développement: Linux. Mise en production du workflow sur cluster de calcul. Languages : Python, ou Perl Expérience en développement de pipelines d'analyses sur des données de type NGS: au moins 6 mois (stage au minimum) requis. Expérience en développement en environnement Galaxy ou expérience en développement de chaines en analyse de données et en particulier d'analyse d'expression serait un plus bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe maîtrise de l’anglais technique du domaine. Formation : Master2 (bioinformatique, informatique) ou Ecole d’ingénieur. Lieu de travail du poste *** : INRA-URGI (http://urgi.versailles.inra.fr/) sur le centre INRA de Versailles (http://www.versailles.inra.fr). ** Durée : 12 mois ** Ce poste est à pourvoir à partir d'octobre 2012 *** ** Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer en format électronique à ** toutes ** les personnes suivantes: [hidden email], [hidden email], [hidden email] -- http://www.sfbi.fr Archives : |