[Galaxy-france] RADseq sous Galaxy : Le pipeline STACKS disponible depuis Septembre maintenant sous Docker!

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[Galaxy-france] RADseq sous Galaxy : Le pipeline STACKS disponible depuis Septembre maintenant sous Docker!

Yvan Le Bras
"Vous n'avez pas peur d'être en rade à cause d'un réservoir à sec, alors faites du RADseq via Stacks sous Galaxy!"


Bonjour à tous les Gars laxistes (pour reprendre le jeu de mot du Galaxy day 2013 ;) ), 


Un petit mail pour véhiculer le fait que Cyril et moi avons mis à disposition de la communauté nos outils Galaxy permettant l'utilisation du pipeline STACKS  via le Toolshed du Groupe GUGGO (http://toolshed.genouest.org/).

L'image Docker ylebras/stacks_galaxy est disponible sur le repository public officiel Docker à cet URL

Si vous êtes intéressés par le RADseq, nous avons créé un espace d'échange ouvert à tous à cet URL. Y sont notamment répertoriées des ressources d'intérêt.

Nous proposons une formation initiation à l'analyse de données RADseq sous Galaxy. Les souhaits d'inscription se font en se rendant à cette adresse. Les supports sont accessibles ici.


Le wiki GUGGO est toujours ouvert à tous à cet URL.

Vous y trouverez notamment le descriptif de nos premiers tests de l'utilisation de Docker sous Galaxy (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/FirstGenOuest), ainsi qu'un rassemblement des liens d'intérêt concernant Docker et Galaxy (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/PresenDocker). Beaucoup d'autres infos sur Galaxy dans le cloud, l'utilisation du tool shed, l'intégration d'outils dans Galaxy, .....


L'offre de formation des communautés GUGGO est accessible en se rendant à cet URL


N'hésitez pas à me contacter pour toute information supplémentaire.


Amicalement,

Yvan




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Yvan Le Bras, PhD                                                                                                                         <°))))><
                 e-Biogenouest project                                                      http://www.e-biogenouest.org
                       CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex
                                 tél.:  +33 (0) 2 99 84 72 78     /      +33 (0) 6.10.43.96.51
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Galaxy-France mailing list
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https://lists.galaxyproject.org/listinfo/galaxy-france

Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifi�e � l'adresse:
�� http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
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Re: RADseq sous Galaxy : Le pipeline STACKS disponible depuis Septembre maintenant sous Docker!

Yvan Le Bras
Aïe, sans les hyperliens, ça fait mal aux ouïes...

La version explicite ci-dessous ;)

Amicalement,

Yvan



"Vous n'avez pas peur d'être en rade à cause d'un réservoir à sec, alors faites du RADseq via Stacks sous Galaxy!"


Bonjour à tous les Gars laxistes (pour reprendre le jeu de mot du Galaxy day 2013  ), 


Un petit mail pour véhiculer le fait que Cyril et moi avons mis à disposition de la communauté nos outils Galaxy permettant l'utilisation du pipeline STACKS (http://creskolab.uoregon.edu/stacks/)  via le Toolshed du Groupe GUGGO (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo, http://toolshed.genouest.org/).

L'image Docker ylebras/stacks_galaxy est disponible sur le repository public officiel Docker à cet URL (https://registry.hub.docker.com/u/ylebras/stacks_galaxy/)

Si vous êtes intéressés par le RADseq, nous avons créé un espace d'échange ouvert à tous à l'URL https://www.e-biogenouest.org/groups/radseq. Y sont notamment répertoriées des ressources d'intérêt.

Nous proposons une formation initiation à l'analyse de données RADseq sous Galaxy. Les souhaits d'inscription se font en se rendant à cette adresse (http://registration.genouest.org/). Les supports sont accessibles ici (https://www.e-biogenouest.org/resources/1287/supportingdocs).


Le wiki GUGGO est toujours ouvert à tous à cet URL (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki).

Vous y trouverez notamment le descriptif de nos premiers tests de l'utilisation de Docker sous Galaxy (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/FirstGenOuest), ainsi qu'un rassemblement des liens d'intérêt concernant Docker et Galaxy (https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/PresenDocker). Beaucoup d'autres infos sur Galaxy dans le cloud, l'utilisation du tool shed, l'intégration d'outils dans Galaxy, .....


L'offre de formation des communautés GUGGO est accessible en se rendant à l'adresse https://www.e-biogenouest.org/einfrastructure/education


N'hésitez pas à me contacter pour toute information supplémentaire.


Amicalement,

Yvan

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Yvan Le Bras, PhD                                                                                                                         <°))))><
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                       CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex
                                 tél.:  +33 (0) 2 99 84 72 78     /      +33 (0) 6.10.43.96.51
                                                                  [hidden email]

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Galaxy-France mailing list
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https://lists.galaxyproject.org/listinfo/galaxy-france

Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifi�e � l'adresse:
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