[Galaxy-france] Problème apache module xsendfile

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[Galaxy-france] Problème apache module xsendfile

Alban lermine
Salut Ahmed,

Je reposte ton message avec un nouvel intitulé (tu avais posté en
réponse au mail de présentation de la liste):

Bonjour à tous,
J'ai installé une instance galaxy qui tourne sous linux fedora 17
x86_64. Je l'ai configuré pour qu'elle utilise MySQL à la place de la
base de donnée par défaut. J'utilise aussi un cluster local sous
PBS/Torque. J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit
servie sous apache + le module XSendFile. Cela tourne sans problème du
moins pour uploader les fichier et lancer les jobs. il n'y a aucune
erreur pour le lancerment des jobs et les fichiers résultats sont
accessibles dans la path files/000/data...
Cependant je n'arrive pas à télécharger les fichers visibles sous
l'historique de galaxy, j'obtiens toujours des fichiers 0 bytes. Aussi
le preview est possible mais pas le full display.
Sachant que j'ai activé le module XSendFile à la fois dans httpd.conf et
dans universe.ini .


J'ai cherché dans les différents log le seul hic que je vois c'est un
conflit, le suivant:
galaxy-dist/lib/galaxy/__init__.py:79: UserWarning: Module markupsafe
was already imported from
/usr/lib64/python2.7/site-packages/markupsafe/__init__.pyc, but
galaxy-dist/eggs/MarkupSafe-0.12-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg is being
added to sys.path
  self.check_version_conflict()

quelqu'un a une idée de la source de ce problème?

Merci d'avance

Ahmed Essagir

--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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Alban Lermine
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Re: Problème apache module xsendfile

Alban lermine
Salut,

Nous n'avons pas installé ce module de notre côté, mais des problèmes similaires ont été reportés sur la liste galaxy-dev.

De ce que j'ai pu lire, la config du httpd.conf doit ressembler à ça:

To enable it (module xsendfile):
 
 1. Download, Compile, Install mod_xsendfile
  http://tn123.ath.cx/mod_xsendfile/
 
 2. Make sure your apache configuration has the correct "LoadModule" for xsendfile.
 
 3. In the apache's configuration relevant to galaxy, add the two directives:
   XSendFile ON
 and
   XSendFileAllowAbove ON
 
 Example:
  ReWriteEngine on
  ReWriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R]
  RewriteRule ^/galaxy(.*) <a href="http://127.0.0.1:8080$1/">http://127.0.0.1:8080$1 [P]
  <Location "/galaxy" >
      order allow,deny
      allow from all
      XSendFile on
      XSendFileAllowAbove on
  </Location>
 
 
 4. In "universe_wsgi.ini", add the following parameter:
  apache_xsendfile = true

Sinon voici la liste des posts concernant ce module:

http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2010-January/001794.html

http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2012-June/010281.html

http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2012-July/010501.html

Pour ma part, je pencherais pour un problème de droits (mais cela n'a pas l'air d'apparaitre dans tes logs).

En esperant que ça t'aiguille..

Peux tu faire un retour sur la liste dès que tu as résolu ton problème, cela pourrait interesser d'autres personnes.

Bonne journée,

Alban
--
Alban Lermine 
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Re: Problème apache module xsendfile

Christophe Antoniewski-2
En réponse à ce message posté par Alban lermine

Le 1 oct. 2012 à 10:49, Alban Lermine <[hidden email]> a relayé :

 J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit
servie sous apache + le module XSendFile.

Bonjour Ahmed,

Lors d'un récent upgrade d'ubuntu (notre OS), nous avons eu un soucis avec XSendFile.

Nous avons modifié le fichier de conf d'apache pour galaxy dans la section approprié, comme suit :

<Location "/galaxy">
    AuthType Basic
    AuthName "Galaxy Gate"
    AuthUserFile /etc/apache2/users
    require valid-user
    XSendFile on
    XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/
    # Compress all uncompressed content.
    SetOutputFilter DEFLATE
    SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:gif|jpe?g|png)$ no-gzip dont-vary
    SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:t?gz|zip|bz2)$ no-gzip dont-vary
#    XSendFileAllowAbove on #problem with 'precise' release of ubuntu
</Location>

Où j'ai laissé commenté la ligne qui causait le bug, et remplacé par XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ , ou le path est le path absolu pour le code galaxy

Je ne suis pas certain que cela t'aide, mais en lisant en diagonale tes problèmes, ça me rappelait ce qu'on avait observé au moment de l'upgrade.

Chris


---
Christophe Antoniewski

Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biologie du Développement – UMR7622
CNRS – Université Pierre & Marie Curie
5ème étage - pièce 517
Case 24, 9 quai Saint Bernard
75252 Paris cedex 05
France

Phone: +33 1 44 27 34 39
Fax:  +33 1 44 27 34 45
Mobile: +33 6 68 60 51 50


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Re: Problème apache module xsendfile

Ahmed Essaghir
Salut,
Merci Alban et Christophe,
Après acharnement et arrâchage de cheveux (que je n'ai pas d'ailleurs :) )
j'ai abandoné et j'ai opté pour ne plus utilisé le module xsendfile et ça marche à merveil, en tout cas pour l'instant. tous les symtômes décrits auparavant ont disparus.
Malheureusement je n'ai pas réussi à décerner où était le problème exactement, ce qui est sûr c'est que ça vient du module xsendfile.

bonne fin de journée à tous

2012/10/1 Christophe Antoniewski <[hidden email]>

Le 1 oct. 2012 à 10:49, Alban Lermine <[hidden email]> a relayé :

 J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit
servie sous apache + le module XSendFile.

Bonjour Ahmed,

Lors d'un récent upgrade d'ubuntu (notre OS), nous avons eu un soucis avec XSendFile.

Nous avons modifié le fichier de conf d'apache pour galaxy dans la section approprié, comme suit :

<Location "/galaxy">
    AuthType Basic
    AuthName "Galaxy Gate"
    AuthUserFile /etc/apache2/users
    require valid-user
    XSendFile on
    XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/
    # Compress all uncompressed content.
    SetOutputFilter DEFLATE
    SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:gif|jpe?g|png)$ no-gzip dont-vary
    SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:t?gz|zip|bz2)$ no-gzip dont-vary
#    XSendFileAllowAbove on #problem with 'precise' release of ubuntu
</Location>

Où j'ai laissé commenté la ligne qui causait le bug, et remplacé par XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ , ou le path est le path absolu pour le code galaxy

Je ne suis pas certain que cela t'aide, mais en lisant en diagonale tes problèmes, ça me rappelait ce qu'on avait observé au moment de l'upgrade.

Chris


---
Christophe Antoniewski

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Laboratoire de Biologie du Développement – UMR7622
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Fax:  <a href="tel:%2B33%201%2044%2027%2034%2045" value="+33144273445" target="_blank">+33 1 44 27 34 45
Mobile: <a href="tel:%2B33%206%2068%2060%2051%2050" value="+33668605150" target="_blank">+33 6 68 60 51 50


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