[Galaxy-france] [PRESENTATION] Olivier Inizan - INRA

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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Olivier Inizan - INRA

Olivier Inizan
Bonjour à tous,

Je m'appelle Olivier Inizan et je travaille à l'Unité de Recherche en
génomique info de l'INRA de Versailles (http://urgi.versailles.inra.fr/)
où je m'occupe des aspects développement logiciel liés aux chaînes de
bioanalyse (pipelines & workflows).

Nous disposons actuellement de deux type d'instances Galaxy:

-Un serveur de production avec des accès publics et des accès privés
(http://urgi.versailles.inra.fr/galaxy)
-Des instances locales de développement

Nous avons débuté le développement en 2010 avec l'intégration d'un
pipeline de détection de SNP et d'indels (MAPHITS:
http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/MAPHiTS).

Une boîte à outils dédiée à l'analyse de données RNA-Seq à également été
intégrée (S-MART: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart).

Nous travaillons actuellement, dans le cadre du projet AppliBio, et en
collaboration avec d'autre plateforme d'Ile de france, à la mise au point
de divers pipelines (analyse d'expression différentielle, détection de
petits ARN).

Nous envisageons également la mise à disposition dans le ToolShed de ces
outils, mais actuellement le temps nous manque ...

Galaxy me parait être un outil puissant pour la mise à disposition et le
partage des outils et des données.
L'ambition accessibilité/reproductibilité/transparence affichée par
l'équipe Galaxy, la constitution d'un environnement d'analyse intégré, le
rapprochement des différents acteurs des disciplines (informatique,
bioinformatique et biologie), tous ces aspects me paraissent cruciaux et à
expérimenter.

Et la communauté française Galaxy est un lieu possible pour justement,
expérimenter :)



A très bientôt,



Olivier
--
Olivier Inizan
Unité de Recherche en Génomique Info
INRA URGI - Bat 18
Route de Saint Cyr,
78026 Versailles
[hidden email]
01 30 83 38 25

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http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
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Re: [PRESENTATION] Olivier Inizan - INRA

Alban lermine
Le 03/09/2012 11:35, Olivier Inizan a écrit :
Bonjour à tous,

Je m'appelle Olivier Inizan et je travaille à l'Unité de Recherche en génomique info de l'INRA de Versailles (http://urgi.versailles.inra.fr/) où je m'occupe des aspects développement logiciel liés aux chaînes de bioanalyse (pipelines & workflows).

Nous disposons actuellement de deux type d'instances Galaxy:

-Un serveur de production avec des accès publics et des accès privés (http://urgi.versailles.inra.fr/galaxy)
-Des instances locales de développement

Nous avons débuté le développement en 2010 avec l'intégration d'un pipeline de détection de SNP et d'indels (MAPHITS: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/MAPHiTS).

Une boîte à outils dédiée à l'analyse de données RNA-Seq à également été intégrée (S-MART: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart).

Nous travaillons actuellement, dans le cadre du projet AppliBio, et en collaboration avec d'autre plateforme d'Ile de france, à la mise au point de divers pipelines (analyse d'expression différentielle, détection de petits ARN).

Nous envisageons également la mise à disposition dans le ToolShed de ces outils, mais actuellement le temps nous manque ...

Galaxy me parait être un outil puissant pour la mise à disposition et le partage des outils et des données.
L'ambition accessibilité/reproductibilité/transparence affichée par l'équipe Galaxy, la constitution d'un environnement d'analyse intégré, le rapprochement des différents acteurs des disciplines (informatique, bioinformatique et biologie), tous ces aspects me paraissent cruciaux et à expérimenter.

Et la communauté française Galaxy est un lieu possible pour justement, expérimenter :)



A très bientôt,



Olivier
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Olivier Inizan
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Merci Olivier!

-- 
Alban Lermine 
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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Alban Lermine
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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Plateforme ABiMS / Roscoff

Christophe Caron
En réponse à ce message posté par Olivier Inizan
Bonjour à tous,

Notre instance de Galaxy est encore en "semi-production", bien que
fonctionnelle. L'ouverture devrait se faire d'ici fin octobre. Le
portail est connecté à notre cluster sous Sun Grid Engine (300 cœurs),
avec un frontal Apache.

A ce jour, deux workflows "maisons" ont été développés :
  - un workflow pour l'analyse de données de métabolomiques (R / xcms)
  - le portage d'un existant pour la prédiction subcellulaire utilisant
une dizaine de méthodes différentes

Nous envisageons d'organiser des formations dans les prochains mois pour
les utilisateurs de la plateforme, mais aussi dans le cadre de projets
'Investissements d'Avenir'. A termes, un de nos objectifs est de
proposer pour la communauté 'biologie marine' un environnement intégré
incluant des pipelines/workflows d'analyse autour de plusieurs modèles
marins.

L'environnement Galaxy devrait être une des pierre angulaires de ce
dispositif.

Nous sommes intéressés par des retours d'expérience (notamment autour de
la visualisation des données), même si nous sommes abonnés aux
différentes listes outre-atlantique, et sommes bien sûr prêts à partager
également !

A bientôt.

--

Christophe Caron  

Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique
Place Georges Teissier  29680 Roscoff

Analysis and Bioinformatics for Marine Science
    http://abims.sb-roscoff.fr/

[hidden email]

tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77






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