[Galaxy-france] [PRESENTATION] Instance de Galaxy de l¹IGBMC (Strasbourg)

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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Instance de Galaxy de l¹IGBMC (Strasbourg)

Stephanie LE GRAS

Bonjour à tous,


Pour faire suite aux différentes présentations de plateformes Galaxy, nous souhaiterions prendre part à la discussion et présenter l’instance de Galaxy que nous avons installée au sein de l’IGBMC.

 

Le groupe Galaxy de l’IGBMC (regroupant 5 informaticiens et bioinformaticiens de l’institut) a installé une instance locale de la plateforme, accessible via l’adresse (http://www.galaxy-igbmc.fr/) et disponible depuis le 5 Juin aux utilisateurs enregistrés (internes à l’institut pour l’instant pour des raisons techniques mais nous souhaitons à terme ouvrir cette instance à des utilisateurs externes.).

Cette plateforme est composé d’un cluster de 16 nœuds rassemblant 256 cœurs et 384 Gb de RAM. 51 utilisateurs sont, à ce jour, déjà enregistrés.

 

La plateforme Galaxy de l’IGBMC propose des outils d’analyse de données essentiellement pour des données NGS de type ChIP-seq et RNA-seq pour le moment mais nous espérons dans le futur pouvoir également proposer des outils d’analyse de données de protéomique.

 

Nous avons deux instances de Galaxy : une instance de production et une instance de test pour les nouveaux développements et mises à jour qui, une fois validés, passent dans l’instance de production. Les sources de notre instance sont gérés sur un dépôt Mercurial interne synchronisé avec le dépôt officiel galaxy-dist.

 

Jusqu’à présent, nous avons installé des outils fournis par le toolshed officiel de Galaxy mais également nos propres outils et avons planifié l’installation d’un toolshed interne.

 

Nous avons également un wiki permettant aux utilisateurs de demander l’ajout de nouveaux outils et génomes. Ils peuvent également y trouver de la documentation (lien vers d’autres wiki Galaxy, présentation sur Galaxy réalisées et quelques tutoriaux).

 

Nous souhaitons organiser des formations de nos utilisateurs à Galaxy. Pour l’instant, par manque de temps des membres de notre groupe, nous nous tournons vers l’intervention de formateurs externes. Mais à terme nous souhaiterions organiser des formations à un rythme régulier qui soient accessibles aux personnes internes et externes à l’institut.

 

Nous voudrions saluer l’initiative du groupe de travail autour de Galaxy qui offre à tous une opportunité de partager nos expériences.

 

Pour le groupe Galaxy de l’IGBMC,


-- 
Stephanie Le Gras
INSERM
Computational scientist - Bioinformatician
Microarray and high throughput sequencing platform
IGBMC
1, rue Laurent Fries
67404 ILLKIRCH Cedex
France
Tel. : +33 (0)3 88 65 32 73


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