[Galaxy-france] [PRESENTATION] Franck Giacomoni - INRA

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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Franck Giacomoni - INRA

fgiacomoni inra
Bonjour à tous,
Affecté à l'Unité de Nutrition Humaine, sur la plate-forme d'Exploration
du Métabolisme (PFEM) - INRA de Clermont-Ferrand/Theix , je m'occupe
principalement des développements logiciel liés aux chaînes de
traitement des données de métabolomique.

Nous avons commencé à évaluer la plate-forme Galaxy pendant l'été 2012
en collaboration avec la PF CNRS ABIMS. Ne pouvant exploiter les
fonctionnalités déjà fournies pour la génomique, nous développons une
instance de Galaxy utilisable en analyse métabolomique avec des modules
d'analyses de signaux, d'extraction de données, d'analyses statistiques,
d'identification de composés chimiques et d'intégration dans les réseaux
biologiques. En parallèle des modules "métiers", nous avons à réfléchir
à de nouveaux formats d'entrée et de sortie.

Actuellement, nous disposons d'une instance locale de Galaxy pour le
développement (déployée en juin 2012) et à moyen terme, nous souhaitons
mettre en place une instance locale de Galaxy de production (déploiement
début 2013) et un ToolShed (juin 2013).

Membre du réseau français de Métabolomique et de Fluxomique et
co-fondateur du projet d'infrastructure d'avenir MEtaboHUB, la
plate-forme PFEM veut jouer un rôle central dans la mise à disposition
d'outils et dans le partage des développements avec sa communauté. Nos
moyens en terme de temps et de personnels étant en train d'évoluer
favorablement, 2013-2014 devraient voir émerger bon nombre de
fonctionnalités dans le traitement des données LC-MS / GC-MS.

Je suis aussi d'avis que Galaxy peut jouer un rôle dans le rapprochement
des domaines de la biologie, de la chimie et de l'informatique voir des
mathématiques. Une communauté française de Galaxy : j'y suis fortement
favorable et je vais y oeuvrer du côté des volcans d'Auvergne.

A bientôt...

--
INRA - Unite de Nutrition Humaine
Plate-Forme 'Exploration du Métabolisme'
Biological computing & Metabolomics

Franck GIACOMONI

Centre de Theix
63122 SAINT GENES CHAMPANELLE
FRANCE

   mail : [hidden email]
   tel  : + 33(0)4 73 62 47 72
   web  : http://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme
   LIMS : http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france