[Galaxy-france] [PRESENTATION] Fabien Mareuil - Institut Pasteur

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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Fabien Mareuil - Institut Pasteur

Fabien  Mareuil
Bonjour à tous,

Je me présente, je m'appelle Fabien Mareuil et je suis Ingénieur
Bioinformaticien au Centre
d'Informatique pour la Biologie de l'Institut Pasteur
(http://www.pasteur.fr/ip/easysite/pasteur/fr/recherche/Centre-Informatique-pour-la-Biologie).


J'ai en charge la maintenance et le support de 4 instances Galaxy
dédiées à 4 plateformes de l'Institut Pasteur. De même, je travaille sur
des projets liés à Galaxy et au cloud computing (Amazon,
StratusLab).


Nous disposons actuellement de :
-4 instances Galaxy en accès privé permettant le lancement de
programmes sur un cluster SGE.

-Une instance Toolshed

-Une instance locale de développement

Nous avons commencé à utiliser galaxy en 2011.


Nous avons notamment installé et adapté à notre système les outils
disponibles dans Nebula (http://nebula.curie.fr/).
Les Bioinformaticiens des différentes plateformes et moi-même
intégrons régulièrement de nouveaux outils développés soit en interne soit en
externe (Bowtie2 par exemple en attendant la version officielle).

Nous travaillons actuellement à l'intégration dans le code de galaxy d'un
système permettant de gérer plus facilement module
(http://modules.sourceforge.net/) utilisé sur de nombreux clusters pour la
gestion des versions de programmes.

La mise en place d'une instance unique pour l'ensemble de l'Institut
Pasteur est aussi à l'étude.

Comme dit par d'autres, Galaxy et cette communauté est une grande
opportunité pour s'échanger bonnes pratiques, savoir-faire et
connaissances aussi bien au niveau outil que système.


A bientôt,


Fabien

--
Fabien Mareuil | Centre d'Informatique pour la Biologie
[hidden email] | Institut Pasteur
25,28 rue du Docteur Roux 75015 Paris, France














_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france