[Galaxy-france] [PRESENTATION] Alban Lermine - Institut Curie

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[Galaxy-france] [PRESENTATION] Alban Lermine - Institut Curie

Alban lermine
Bonjour à tous,

En guise d'introduction dans la communauté Française Galaxy, je vous
propose de vous présenter ainsi que votre travail avec Galaxy via un
mail à la liste de diffusion.

Pour une meilleure lisibilité, taguer l'objet de votre mail avec le tag
[PRESENTATION] Prénom Nom - Laboratoire.

J'ouvre donc les hostilités:

Je m'appelle Alban Lermine et je travaille à l'Institut Curie sur la
plate-forme de Bioinformatique en tant que data-manager pour les données
de grand séquençage.
Nous travaillons avec Galaxy depuis Juin 2011 et nous avons à l'heure
actuelle trois instances de Galaxy installées:

    - Un serveur local de développement
    - Un serveur local de production
    - Un serveur public dédié à l'analyse de données type ChIP-seq
(http://nebula.curie.fr)

Nous utilisons Galaxy pour l'analyse mais aussi pour le management des
données.
Une de nos motivations dans l'utilisation de Galaxy est de mettre à
disposition pour chacun (bioinformaticien comme biologiste) le panel
d'outils le plus fourni possible (outils publiés et largement utilisés -
outils développés en interne).

Nous disposons aujourd'hui d'outils pour différents types de données
(principalement Exome-seq, ChIP-seq et RNA-seq), mais nous continuons de
diversifier notre panel avec entre autre (en dev) des outils pour
l'analyse des petits ARN ainsi que des outils orientés diagnostiques.

Depuis quelques mois, nous mettons à disposition via le toolshed
certains de nos outils développés en interne:

    - SVdetect (Bruno Zeitouni) - Permet la détection de réarrangements
inter et intra chromosomaux.
    - GFAP (Romain Daveau) - Pour l'annotation génomique et
fonctionnelle des variants (type SNP,indels)
    - Nebula (Valentina Boeva) - Suite d'outils pour l'identification de
sites de fixations de facteurs de transcription / l'annotation des
experiences de ChIP-sequencing
    - Upload local file (Moi) - Permet d'uploader des fichiers dans
Galaxy sans passer par un upload via le réseau

Nous souhaitons continuer dans cette voie de partage (d'outils comme de
connaissances), c'est pourquoi j'essaierais d'être le plus actif
possible au sein de la communauté.

A très bientôt,

Alban

--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84