[Galaxy-france] [IMPORTANT/A LIRE] Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!

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[Galaxy-france] [IMPORTANT/A LIRE] Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!

Alban lermine
Bonjour à tous et toutes,

Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!

Cette liste a pour but de partager et communiquer sur nos différentes expériences avec Galaxy au sein de l'hexagone.
La langue officielle de cette liste est le français.

Vous avez besoin d'aide dans l'utilisation de Galaxy,
Vous hébergez un serveur public Galaxy,
Vous maintenez une instance locale de Galaxy,
Vous venez de déposer un outil sur le toolshed,
Vous avez des trucs et astuces pouvant interresser la communauté,
Vous organisez des formations avec Galaxy,

Postez une annonce à [hidden email] !

Pour toutes les questions techniques (installation, développement d'outil) nous tenterons de vous aider dans la mesure du possible, mais nous vous conseillons de vous adresser en parallèle à la liste de développement (http://dev.list.galaxyproject.org/), le temps que la communauté française se mette en place.

Pour vous aider dans votre utilisation de Galaxy, voici une liste de liens utiles (en plus de la présente liste):

http://wiki.g2.bx.psu.edu -> Wiki Galaxy officiel

https://main.g2.bx.psu.edu/  -> Serveur public principal

http://announce.list.galaxyproject.org/  -> Liste d'annonce

http://user.list.galaxyproject.org/  -> Liste utilisateurs "simples" Galaxy

http://dev.list.galaxyproject.org/  -> Liste developpeurs Galaxy

A très bientôt sur la liste Galaxy France,

Les administrateurs:

Alban Lermine, Olivier Inizan, Rémi Marenco, Dave Clements & Jennifer Jackson
-- 
Alban Lermine 
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
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Re: [IMPORTANT/A LIRE] Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!

Ahmed Essaghir
Bonjour à tous,
J'ai installé une instance galaxy qui tourne sous linux fedora 17 x86_64. Je l'ai configuré pour qu'elle utilise MySQL à la place de la base de donnée par défaut. J'utilise aussi un cluster local sous PBS/Torque. J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit servie sous apache + le module XSendFile. Cela tourne sans problème du moins pour uploader les fichier et lancer les jobs. il n'y a aucune erreur pour le lancerment des jobs et les fichiers résultats sont accessibles dans la path files/000/data...
Cependant je n'arrive pas à télécharger les fichers visibles sous l'historique de galaxy, j'obtiens toujours des fichiers 0 bytes. Aussi le preview est possible mais pas le full display.
Sachant que j'ai activé le module XSendFile à la fois dans httpd.conf et dans universe.ini .


J'ai cherché dans les différents log le seul hic que je vois c'est un conflit, le suivant:
galaxy-dist/lib/galaxy/__init__.py:79: UserWarning: Module markupsafe was already imported from /usr/lib64/python2.7/site-packages/markupsafe/__init__.pyc, but galaxy-dist/eggs/MarkupSafe-0.12-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg is being added to sys.path
  self.check_version_conflict()

quelqu'un a une idée de la source de ce problème?

Merci d'avance


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Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france