[Galaxy-france] Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

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[Galaxy-france] Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

Sarah Maman
Bonjour,

Je souhaiterai intégrer un script perl (script quantifier de mirdeep2)
dans un nouveau tool de mon instance locale de Galaxy.
Le problème est que ce script génère plusieurs outputs (fichiers images)
mais le nombre d'outputs est variable d'une fois sur l'autre.
Il me semble que le nombre d'outputs doit être défini et fixe dans le
fichier xml du tool ? Ou existe t'il un moyen pour que le nombre
d'outputs ne soit pas précisé à l'avance ?

Merci d'avance pour votre aide,
Sarah Maman


**************

Hello,

I would like to integrate a perl script (script quantifier of mirdeep2)
in a new tool in my local instance of Galaxy.
The problem is that this script generates several outputs (image files),
but the number of outputs varies from one time to another.
It seems that the number of outputs must be defined and fixed in the
tool xml file ? Or is there a way to not specify the number of outputs ?

Thank you in advance for your help,
Sarah Maman
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Re: Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

Olivier Filangi
Bonjour,
J'ai eu également ce problème.
J'ai choisi de créer un seul fichier resultat au format HTML (donc dans le XML du tool il y a un seul fichier output)
et d'"embarquer" l'ensemble des fichiers soit sous forme d image ou de fichier à telecharger avec un encodage base64

exemple pour un fichier texte zippé :

echo '<a href=<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="data:application/x-gzip;base64,'`gzip--stdout$current_file|base64-w0`'">"data:application/x-gzip;base64,'`gzip --stdout $current_file | base64 -w 0`'">'>> $html__
echo $comments_to_down >>$html__ 
echo '</a>' >> $html__

si tu ne zip pas le type mime est text/plain

ou pour une image :
<img  alt="description" src=<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="data:image/png;base64,'''`base64-w0$current_file_png`'">"data:image/png;base64,'''`base64 -w 0 $current_file_png`'"/>'

ne pas oublier d'effacer les fichiers generés par l'application après ce traitement

Olivier


Le 02/10/2012 17:05, Sarah Maman a écrit :
Bonjour,

Je souhaiterai intégrer un script perl (script quantifier de mirdeep2) dans un nouveau tool de mon instance locale de Galaxy.
Le problème est que ce script génère plusieurs outputs (fichiers images) mais le nombre d'outputs est variable d'une fois sur l'autre.
Il me semble que le nombre d'outputs doit être défini et fixe dans le fichier xml du tool ? Ou existe t'il un moyen pour que le nombre d'outputs ne soit pas précisé à l'avance ?

Merci d'avance pour votre aide,
Sarah Maman


**************

Hello,

I would like to integrate a perl script (script quantifier of mirdeep2) in a new tool in my local instance of Galaxy.
The problem is that this script generates several outputs (image files), but the number of outputs varies from one time to another.
It seems that the number of outputs must be defined and fixed in the tool xml file ? Or is there a way to not specify the number of outputs ?

Thank you in advance for your help,
Sarah Maman
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Re: Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

Alban lermine
Salut,

Autre solution (je ne crois pas qu'il soit possible de ne pas définir
les outputs à l'avance..)

Créer autant de balise d'outputs qu'il peut y en avoir au max et gérer
leur création avec la balise filter.

<outputs>
    <data name="output1" format="png" label=PNG 1">
    <filter>(if_PNG1 == True)</filter>
    </data>
    <data name="output2" format="png" label=PNG 2">
    <filter>(if_PNG2 == True)</filter>
    </data>
  </outputs>

Dans tes inputs, tu ajoutes une coche qui permet de déterminer quels
outputs tu dois créer:

<inputs>
...
<param name="if_PNG1" type="boolean" label="Do you want to have  PNG 1?"
truevalue="1" falsevalue="0" checked="False"/>
<param name="if_PNG2" type="boolean" label="Do you want to have  PNG 2?"
truevalue="1" falsevalue="0" checked="False"/>

</inputs>

Et au niveau de ta commande, tu peux jouer avec les conditions interprétées:

<command interpreter=bash>
createImage.sh
#if str( $if_PNG1 ) == '1'
-o $output1
#if str($if_PNG2) == '1'
-o2 $output2
...
</command>

Après cette solution peut vite devenir très lourde à écrire si tu dois
gérer énormément d'outputs..

++,

Alban

--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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Re: Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

Alban lermine
Re,

Visite le lien suivant:

http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Tools/Multiple%20Output%20Files

Ils parle des différents cas de figure avec les outputs multiples:

- Static Multiple Outputs
- Variable Static Outputs determined by parameter values (la même méthode que celle que je t'ai décrite)
- Number of Output datasets cannot be determined until tool run

++,

Alban
-- 
Alban Lermine 
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Re: [galaxy-dev] Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs

Jorrit Boekel
En réponse à ce message posté par Sarah Maman
Hello-,

I have had similar problems, and you can possibly solve them by using
composite datasets, which allow you to pass files to a directory whilst
having a primary file that represents the dataset (I believe Rgenetics
uses a primary HTML file containing hyperlinks to the files in the dir).

For example, in your tools command line:
script.pl $input1 $input2 $output
specifying:
script.pl $input1 $input2 $output.extra_files_dir

The extra_files_dir attribute is lets the script output files to a
directory (don't change its name). The dir can in a next step be reached
by specifying:
script2.pl $input.extra_files_dir

I am not quite in the position to explain everything, since I only use
my composite files in in-between steps yet. In other words, I don't know
how to create the primary file and let users download their composite files.

cheers,
jorrit




On 10/02/2012 05:05 PM, Sarah Maman wrote:

> Bonjour,
>
> Je souhaiterai intégrer un script perl (script quantifier de mirdeep2)
> dans un nouveau tool de mon instance locale de Galaxy.
> Le problème est que ce script génère plusieurs outputs (fichiers
> images) mais le nombre d'outputs est variable d'une fois sur l'autre.
> Il me semble que le nombre d'outputs doit être défini et fixe dans le
> fichier xml du tool ? Ou existe t'il un moyen pour que le nombre
> d'outputs ne soit pas précisé à l'avance ?
>
> Merci d'avance pour votre aide,
> Sarah Maman
>
>
> **************
>
> Hello,
>
> I would like to integrate a perl script (script quantifier of
> mirdeep2) in a new tool in my local instance of Galaxy.
> The problem is that this script generates several outputs (image
> files), but the number of outputs varies from one time to another.
> It seems that the number of outputs must be defined and fixed in the
> tool xml file ? Or is there a way to not specify the number of outputs ?
>
> Thank you in advance for your help,
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