[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] fw: [Infos.Lig]Series of webinars on reproducible research. Episode on 6th Dec.: Reproducible Science in Bioinformatics

classic Classique list Liste threaded Arborescence
1 message Options
Répondre | Arborescence
Ouvrir ce message en vue arborescente
|

[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] fw: [Infos.Lig]Series of webinars on reproducible research. Episode on 6th Dec.: Reproducible Science in Bioinformatics

Dave Clements
Hello all,

This is on Tuesday, either in person in Grenoble, or online.

Cheers,


---------- Forwarded message ----------
From: Sylvaine ROY <[hidden email]>
Date: 2016-11-25 1:58 GMT-08:00
Subject: [bioinfo] fw: [Infos.Lig]Series of webinars on reproducible research. Episode on 6th Dec.: Reproducible Science in Bioinformatics
To: [hidden email]


Pour information, un webinar qui peut intéresser toute notre communauté. Même s'il a lieu à Grenoble, apparemment, il pourra être suivi de partout grâce au webcast.

Bonne journée,

Sylvaine Roy

-------- Message transféré --------
Sujet : [Infos.Lig] Series of webinars on reproducible research. Episode
VI on Tuesday 6th December. Reproducible Science in Bioinformatics by
Sarah Cohen-Boulakia, Yvan Le Bras and Jérome Chopard
Date : Thu, 24 Nov 2016 01:47:46 +0100
De : Arnaud Legrand <[hidden email]>
Répondre à : Arnaud Legrand <[hidden email]>
Pour : [hidden email]

Bonjour à tous,

   le premier mardi du mois, c'est recherche reproductible! ;) Mardi
prochain (6 décembre à 13:30, dans l'amphi du bâtiment IMAG), nous
aurons la chance d'avoir la visite de Sarah Cohen-Boulakia, Yvan Le
Bras et Jérome Chopard qui viendront nous parler de "Science
reproductible en Bioinformatique". Venez nombreux!

À bientôt,

    Arnaud Legrand

             ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
              SERIES OF WEBINARS ON REPRODUCIBLE RESEARCH

           Episode VI: Reproducible Science in Bioinformatics:
         (Current Status, Solutions and Research Opportunities)
             ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

                     (English version in Section 2)


1 Version Française
═══════════════════

  Pour améliorer concrètement notre pratique en terme de
  reproductibilité de la rechercher, nous organisons avec des collègues
  une série de webinars ayant pour objectif de partager un savoir-faire
  ou des idées sur ces différentes thématiques. Ces webinars s'adressent
  à tous (doctorants, post-doctorants, ingénieurs, chercheurs,…) et
  sont en anglais. Nous avons déjà eu cinq séminaires surle thème
  couvrant des sujets aussi variés que la gestion d'un cahier de
  laboratoire et d'articles réplicables, le contrôle de son
  environnement, la reproductibilité numérique, le traçage et la
  sauvegarde de son activité, l'archivage du logiciel et des
  données. L'ensemble des documents et des vidéos est évidemment en en
  ligne à partir de l'adresse suivante:

  [https://github.com/alegrand/RR_webinars]

  Le prochain webinar portera sur la "Science reproductible en
  Bioinformatique" et sera donné par Sarah Cohen-Boulakia (Université
  Paris-Sud), Yvan Le Bras (Muséum d'histoire naturelle) et Jérome
  Chopard (INRA/Inria).  Les processus d'analyse en bioinformatique et
  en biologie computationnelle sont complexes, multi-niveaux et
  impliquent des volumes de données massifs et particulièrement
  hétérogènes. S'assurer de la reproductibilité d'analyses
  bioinformatiques est devenu à la fois de plus en plus important et de
  plus en plus difficile à assurer. Dans ce séminaire, les points
  suivants seront abordés:
  1. Après une présentation rapide de l'état actuel de la
     reproductibilité en bioinformatique et en biologie
     computationnelle, nous donnerons un aperçu des approches et des
     solutions actuellement utilisées dans la communauté.
  2. Deux cas d'études réels d'analyses de données biologiques seront
     ensuite considérés et mis en oeuvre à l'aide de deuxsystèmes de
     workflow scientifiques populaires: Galaxy et OpenAlea. Nous
     montrerons en quoi ces systèmes sont complémentaires et comment ils
     permettent d'aider les utilisateurs finaux à gérer différents
     niveaux de reproductibilité (de la reproduction à l'identique d'une
     analyse et la réplication dans des contextes similaires àla
     reproduction des résultats en utilisant d'autres méthodologies).
  3. Le séminaire se terminera en soulignant les problèmes et les
     besoins toujours d'actualité et en exposant les opportunités de
     recherches des communautés de l'informatique et de la
     bioinformatique.

  Ce séminaire aura lieu le mardi 6 décembre de 13:30 à 16:30PM (UTC+1)
  dans l'amphi du bâtiment IMAG à Grenoble. Il sera diffusé en temps
  réel et mis à disposition une fois retravaillé. Comme d'habitude, il
  sera possible d'interagir avec les intervenants (en particulier durant
  les parties pratiques) en passant par des médias parallèles au webcast
  (pad, hangout, …). L'ensemble des informations est disponible ici:


[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/6_reproducibility_bioinformatics/index.org]

  Si vous souhaitez suivre cette intervention, je vous invite à regarder
  si une salle a été prévue près de chez vous sur la page précédente et
  si ça n'est pas le cas à en réserver une et à mettre la page à jour
  car il est plus facile/agréable d'apprendre avec d'autres que tout
  seul dans son coin. :)

  À bientôt j'espère,

  Arnaud Legrand


2 English Version
═════════════════

  To improve our practice in terms of reproducible research, some
  colleagues and I organize a series of webinars where we will share our
  experience and thoughts and on those different themes. These webinars
  are open to anyone (PhD students, post-doc, engineers, researchers, …)
  and will be in English (possibly with a strong French accent ;-). The
  first four ones have addressed various topics such as the management
  of a laboratory notebook and of replicable articles, the control of an
  environment, numerical reproducibility, activity logging and backing
  up, and software and data archiving. All the slides and videos are
  available here:

  [https://github.com/alegrand/RR_webinars]

  The next webinar will be given by Sarah Cohen-Boulakia (Université
  Paris-Sud), Yvan Le Bras (Muséum d'histoire naturelle) et Jérome
  Chopard (INRA/Inria) on "Reproducible Science in Bioinformatics:
  Current Status, Solutions and Research Opportunities". Typical
  analysis processes in bioinformatics and computational biology are
  complex, multi-staged, and large and may involve massive and highly
  heterogeneous data sets. Ensuring reproducible bioinformatics analyses
  is both increasingly important and highly difficult to achieve. In
  this webinar, the aim is three-folds.
  1. After a quick presentation of the current status of reproducibility
     in bioinformatics and computational biology, a global picture of
     the approaches and types of solutions currently in use in the
     bioinformatics community will be provided.
  2. Then two real use cases of biological data analyses will be
     considered, demonstrated on two very popular scientific workflow
     systems, namely, Galaxy and OpenAlea. We'll see how complementary
     such systems may be and how they help end-users deal with several
     levels of reproducibility (from redoing the exact same analysis, to
     replicate it in similar contexts, to reproduce the same results
     considering alternative methodologies).
  3. The webinar will be wraped-up by highlighting needs and draw
     research opportunities for the computer science and bioinformatics
     communities.

  It will take place on Tuesday 6th December 2016, from 1:30PM to 4:30PM
  (UTC+1) in the amphitheater of the IMAG building in Grenoble. It will
  be screencast and interactions during the presentations will take
  place through written interactive documents (pad, hangout, …).The
  resulting videos will be edited within a few days for a better
  exploitation by people that would not have been able to attend the
  event. All the information are gathered here:


[https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/6_reproducibility_bioinformatics/index.org]


  If you are interested in following these talks, you should check on
  the previous web page whether a room has been reserved nearby and, if
  not, book one and update the web page accordingly as it is always much
  more fun/easy to learn in company of others rather than alone in a
  dark office. :)

  We hope to see you soon.

  Best,

  Arnaud Legrand


--
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en priorité
sur le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la liste
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
http://www.sfbi.fr
Abonnements et archives : http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo





--

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
https://lists.galaxyproject.org/listinfo/galaxy-france

Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifi�e � l'adresse:
�� http://galaxyproject.org/search/mailinglists/

message-footer.txt (558 bytes) Download Attachment