[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Post-Doc|CDD-IR CEA-Institut de Génomique- Evry

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[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Post-Doc|CDD-IR CEA-Institut de Génomique- Evry

Dave Clements
Hello all,

Cross-posting from SFBI.

Cheers,

Dave C


---------- Forwarded message ----------
From: Stéphane Cruveiller <[hidden email]>
Date: 2015-04-23 6:22 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] Post-Doc|CDD-IR CEA-Institut de Génomique- Evry
To: [hidden email]


Contexte :

Le Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr - Institut de Génomique du Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives) est une grande plateforme de réputation internationale dans le domaine de la génomique. A l'issue des étapes de séquençage et d'analyse primaire de l'ADN, l'exploitation biologique des ces données massives nécessite des techniques informatiques de calcul intensif et des méthodes bioinformatiques en constante évolution. Dans le cadre de l'Infrastructure France Génomique (Investissements d'Avenir, https://www.france-genomique.org/), un pipeline informatique appelé DIGEST (Directed Iterative Gene Extension by Sequencing capture Technology) a été implémenté pour étendre/compléter les gènes partiels recensés dans le catalogue de gènes du Microbiome Humain issu du projet METAHIT (Metagenomics of Human Intestinal Tract - http://http://www.metahit.eu/) en utilisant des données de séquençage haut débit ciblées (i.e. séquençage par capture; http://www.nimblegen.c
 om). A ce jour, le pipeline est pleinement opérationnel mais seuls quelques individus (moins d’une dizaine) d’une cohorte qui comporte une cinquantaine d’éléments ont pu être analysés en détail. Dans le but de finaliser et de valoriser ces analyses, un poste de stagiaire post-doctoral/CDD Ingénieur de Recherche (12 mois renouvelable), spécialisation métagénomique, est à pourvoir au sein du LABGeM (CEA/IG & CNRS UMR8030).

Missions :

- Veille technologique et mise en œuvre de programmes d’assemblage de métagénomes et de métatranscriptomes
- Développement de workflows dédiés à l'analyse qualitative et quantitative de metagénomes (prédiction de gènes, comparaison de métagénomes, taxonomie, annotation fonctionnelle)
- Analyser les individus de la cohorte à disposition et valoriser les résultats

Compétences/connaissances :

- Langages : Java, R, PHP
- Connaissance des SGBD (Mysql, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL
- Maîtrise des systèmes Unix/Linux et des langages de scripts
- Connaissance des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse des données métagénomiques
- Expérience dans le domaine de l'analyse des données en métagénomique et métatranscriptomique.
- Connaissance des gestionnaires de workflows bioinformatiques (e.g., Galaxy, JBPM/Drools)
&#8203;
Durée du contrat : 12 mois (renouvelable)

Candidature :

Pour postuler merci de nous faire parvenir une lettre de motivation, un CV, des copies de vos principales productions scientifiques ainsi que trois référents à scruveil [at] genoscope [dot] cns [dot] fr et cmedigue [at] genoscope [dot] cns [dot] fr.

Date limite de dépôt des candidatures : 20/05/2015

Prise de fonction : au plus tôt le 01/07/2015, au plus tard le 01/09/2015


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Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en priorité
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