[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier

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[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier

Dave Clements
Hello all,

I saw this posted on the SFBI list.  Cross-posting it to the French Galaxy Community.

Dave C

---------- Forwarded message ----------
From: Alexis Dereeper <[hidden email]>
Date: 2012/11/21
Subject: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier
To: Liste bioinfo <[hidden email]>


SUJET : Conception et développement de stratégies bioinformatiques pour l'analyse de données RNA-Seq du nématode parasite du riz Meloidogyne graminicola

CONTEXTE SCIENTIFIQUE
Les nématodes du genre Meloidogyne sont des vers microscopiques phytoparasites. Ils agissent en infectant les racines où ils induisent des sites nourriciers et se développent aux dépends de la plante hôte. L’espèce Meloidogyne graminicola est particulièrement préjudiciable à la culture du riz en Asie et toutes les variétés de riz cultivées (espèce Oryza sativa) sont sensibles à ce nématode. Cependant, il existe des accessions de riz résistants qui ont été identifiées dans le riz africain O. glaberrima. La compréhension des mécanismes moléculaires associés à ces interactions plantes-parasites constitue le thème de recherche de notre équipe. En particulier, nos recherches sont focalisées sur les protéines effectrices (=effecteurs) du nématode qui sont secrétées dans la plante afin d’en manipuler les fonctions et structures cellulaires, facilitant ainsi le développement et la reproduction du nématode.

OBJECTIFS ET MISSIONS BIOINFORMATIQUES
A ce jour, quasi aucune donnée de séquences n'est disponible pour M. graminicola. Un séquençage massif Illumina est en cours de réalisation au Génoscope (France Génomique) sur des échantillons obtenus à partir d'ARNm extraits de M. graminicola au stade préparasitique et à différents stades d'infection de plantes sensibles et résistantes. A partir des données obtenues, les missions de ce stage seront les suivantes:
- Obtenir une description du transcriptome de M. graminicola à différents stades de développement, chez la plante sensible ou résistante
- Rechercher les effecteurs de virulence potentiels présents dans le génome de M. graminicola

DEROULEMENT DU STAGE
Les différentes phases à entreprendre seront:
- Valider l'assemblage global des séquences déjà réalisé qui servira de référence
- Mettre en place un pipeline d’annotation de cette référence et développer une stratégie pour séparer les contigs issus de la plante et de l'agent pathogène, dans le but d’établir un transcriptome de référence complet annoté pour M. graminicola
- Rechercher les effecteurs de virulence potentiels sur le transcriptome du nématode
- Réaliser un mapping des différents échantillons sur la référence puis les analyses d'expression différentielle
- Intégrer les pipelines développés sous forme de workflows Galaxy

FORMATION / COMPÉTENCES
- Niveau Master 2 bioinformatique
- Bioinformatique: analyse de séquences, bioanalyse, annotations de séquences.
La connaissance d’outils bioinformatiques pour le séquençage haut débit serait un plus.
- Informatique : bonne connaissance du langage Perl, XML.
Maîtrise de l’environnement Linux.

DURÉE
6 mois

ENCADREMENT
Le stage se déroulera au sein de l’UMR RPB (http://www.umr-rpb.fr), sur le site de l’IRD de Montpellier, sous la responsabilité d'Alexis Dereeper, bioinformaticien de l’Unité et Anne-Sophie Petitot, biologiste moléculaire de l’équipe «Effecteurs et Cibles».
Le stagiaire sera accueilli sur le plateau bioinformatique de l'IRD (http://bioinfo.mpl.ird.fr/) et travaillera en lien avec la plate-forme SouthGreen (http://southgreen.cirad.fr/).

CONTACTS
Alexis DEREEPER <[hidden email]> 04 67 41 62 28 ou 04 67 61 57 21
Anne-Sophie PETITOT <[hidden email]> 04 67 41 62 87

ACCUEIL
Indemnités de stage : 417 € / mois





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Alexis DEREEPER

UMR RPB (IRD-UM2-CIRAD) Résistance des Plantes aux Bioagresseurs
IRD - Institut de Recherche pour le Développement
Bureau 351
911, avenue Agropolis
BP 64501
34394 MONTPELLIER CEDEX 5
FRANCE

[hidden email]
tel IRD   : + 33 (0)4 67 41 61 88
tel CIRAD : + 33 (0)4 67 61 57 21



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