[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Offre de stage Bioinfo Syngenta Seeds

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[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] Offre de stage Bioinfo Syngenta Seeds

Dave Clements
Hello all,

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Dave C

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From: <[hidden email]>
Date: 2012/12/18
Subject: [bioinfo] Offre de stage Bioinfo Syngenta Seeds
To: [hidden email]


Bonjour,

Une offre de stage pour un stage de 6 mois (Master2) dans l'équipe Bioinformatique de Syngenta Seeds à Toulouse.

La clôture des candidatures sera à la mi-janvier.

Cedric Muller


TITRE:
Développement  de workflows sous Galaxy pour l’analyse et l’exploitation de polymorphismes par les biologistes.

CONTEXTE :
Syngenta Seeds est une multinationale travaillant sur de nombreuses espèces de grande culture. L’une des missions de l’équipe Bioinformatique est d’exploiter les polymorphismes potentiellement impliqués dans des caractères d’intérêt agronomique.
Ce stage, basé sur le site de Syngenta Seeds de Saint-Sauveur (Toulouse Nord), s'inscrit dans le cadre de l’amélioration et le développement de workflows d’analyse de gros volumes de données. Ces outils seront développés au sein de l’équipe bioinformatique de Saint-Sauveur et mise à disposition des biologistes. Une interaction forte avec les biologistes sera nécessaire afin de répondre au mieux à leurs besoins.

L’équipe bioinformatique a mis en place une plateforme afin de faciliter le développement de workflows d’analyses en vue de traiter les séquences nucléiques (Sanger, NGS, etc…). Cette plateforme nous permet d’analyser nos séquences nucléiques à grande échelle et de structurer les données analysées.
L’analyse des séquences nucléiques avec différents outils (Haplotypage, SNP tagging, etc) nous permet de mettre en avant les polymorphismes SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) les plus intéressants à cibler et de formater ceux-ci au format des différentes technologies utilisées au laboratoire pour le développement de marqueurs moléculaires.
Nous souhaiterions améliorer le processus existant et mettre en place une meilleure intégration avec nos bases de données internes afin de permettre le stockage des différentes analyses générées par ces outils.

Le travail du stagiaire consistera à conceptualiser de nouveaux workflows d’analyses afin d’automatiser au maximum le traitement des données. Ces workflows devront être conçus afin de répondre aux traitements de données à haut débit. Ces scripts devront être mis en place en suivant les règles de développements imposées par la plateforme afin d’utiliser au mieux la grille de calcul. Enfin, le stagiaire devra former les biologistes à l’utilisation de ses workflows d’analyses.

PROFIL REQUIS :
-  Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
-  Connaissances : Bioinformatique, Génomique végétale serait un plus
-  Compétences opérationnelles : langage de programmation : Perl/Python et java
-  Langues : Français et Anglais

DESCRIPTIF DU STAGE :
- Organisme : Syngenta Seeds SAS
- Lieu : 12 chemin de l'hobit 31 790 Saint-Sauveur
- Responsable de Stage : Cédric Muller
- Durée : 4 à 6 mois minimum
- Dates : A définir
- Profil du stage : Bioinformatique et Bioanalyse
- Date de diffusion : Décembre 2012
- Candidatures acceptées jusqu’au 14 janvier 2013

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