[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)

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[Galaxy-france] Fwd: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)

Dave Clements
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Dave C


---------- Forwarded message ----------
From: Johann Joets <[hidden email]>
Date: 2013/1/10
Subject: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)
To: [hidden email]


CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)

Poste : CDD. 1 an renouvelable jusqu'à 3 ans
Localisation : Gif-sur-Yvette, France
Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS
Contacts :
Johann Joets [hidden email]
Paul Leadley [hidden email]

Description du poste :
Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs.

Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes (http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinformatique) qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS, le bioinformaticien bénéficiera également de collaborations avec les plateformes de bioinformatique d’Ile de France (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/,) du projet européen Transplant (http://transplantdb.eu) et du programme Investissement d’Avenir AMAIZING (http://www.amaizing.fr/)

Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Une expérience avec les données de NGS serait appréciée bien que non requise.

Le poste est ouvert pour un an renouvelable deux fois (total de trois ans)

Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à [hidden email]


INRA - UMR de Genetique Vegetale
Ferme du Moulon
91190 Gif-sur-Yvette - France
tel 33169332378



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