[Galaxy-france] Configuration Serveur Galaxy

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[Galaxy-france] Configuration Serveur Galaxy

Antoine ROUSSELIN
Bonjour à tous,
 
Notre structure aimerait se doter d'un serveur dédié "Galaxy" pour une installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ?
 
Par exemple, le société BioTeam propose :
- INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES)
- 384 GB RAM
- 100GB SOLID STATE DRIVE
-16TB INTEGRATED HIGH-SPEED STORAGE
 
Merci d'avance pour votre aide
 
Antoine

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france

Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse:
   http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
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Re: Configuration Serveur Galaxy

Dave Clements
Hi Antoine,

First, I apologize for the response in English.  I am hoping that your English is orders of magnitude better than my French.

Although this question gets asked a lot, there is no definitive answer.  It all depends on the type of analysis and the number of users.

The best places to look for answers are:

The Galaxy Deployments Catalog
  This describes how Galaxy is deployed at different institutions.
  (And if you deploy Galaxy locally, I strongly encourage you to describe your instance here)

The GalaxyAdmins Survey
  This is now two years old, but it contains a lot of great information.

Espérons que cette aide,

Dave C



2014/1/7 Antoine ROUSSELIN <[hidden email]>
Bonjour à tous,
 
Notre structure aimerait se doter d'un serveur dédié "Galaxy" pour une installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ?
 
Par exemple, le société BioTeam propose :
- INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES)
- 384 GB RAM
- 100GB SOLID STATE DRIVE
-16TB INTEGRATED HIGH-SPEED STORAGE
 
Merci d'avance pour votre aide
 
Antoine

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Re: Configuration Serveur Galaxy

Christophe Caron
Bonsoir,

pour compléter le message de Dave, cela va dépendre évidemment du contexte.

Il faudrait disposer de plus d'informations sur les usages prévus
(nombre d'utilisateurs simultanés, etc.) et de l'architecture (connexion
à des ressources calcul externes, base de données externaliser ou pas,
etc.) pour préciser les choses.

Dans le cas où le serveur n'effectuera pas les calculs, le nombre de
cœur a surtout son importance si les étapes des workflows sont
nombreuses, et si on en lance simultanément un nombre conséquent.
Si les traitements se font en local, cela renforce évidemment ce point.

Galaxy ne consomme pas énormément de mémoire en tant que tel.

Ensuite, on pourrait discuter des I/O, connexions au SGBD...

Voilà pour ma courte contribution.


Le 08/01/2014 18:23, Dave Clements a écrit :

> Hi Antoine,
>
> First, I apologize for the response in English.  I am hoping that your
> English is orders of magnitude better than my French.
>
> Although this question gets asked a lot, there is no definitive answer.  It
> all depends on the type of analysis and the number of users.
>
> The best places to look for answers are:
>
> The Galaxy Deployments Catalog
>    https://wiki.galaxyproject.org/Community/Deployments
>    This describes how Galaxy is deployed at different institutions.
>    (And if you deploy Galaxy locally, I strongly encourage you to describe
> your instance here)
>
> The GalaxyAdmins Survey
>    https://wiki.galaxyproject.org/Community/GalaxyAdmins/SurveyResults
>    This is now two years old, but it contains a lot of great information.
>
> Espérons que cette aide,
>
> Dave C
>
>
>
> 2014/1/7 Antoine ROUSSELIN <[hidden email]>
>
>>   Bonjour à tous,
>>
>> Notre structure aimerait se doter d'un serveur dédié "Galaxy" pour une
>> installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ?
>>
>> Par exemple, le société BioTeam propose :
>> - INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES)
>> - 384 GB RAM
>> - 100GB SOLID STATE DRIVE
>> -16TB INTEGRATED HIGH-SPEED STORAGE
>>
>> Merci d'avance pour votre aide
>>
>> Antoine
>>
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>>
>> Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche
>> unifiée à l'adresse:
>>     http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
>>
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> Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse:
>     http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
>

--

Christophe Caron  

Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique
Place Georges Teissier - CS 90074
29688 Roscoff Cedex

Analysis and Bioinformatics for Marine Science
    http://abims.sb-roscoff.fr/

[hidden email]

tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77






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[Galaxy-france] RE : Configuration Serveur Galaxy

Antoine ROUSSELIN
Re: [Galaxy-france] Configuration Serveur Galaxy
Hi all,
 
Thank you for these elements of response, I will try to explain in English ...

The number of users "expected" is ~ 15, simultaneously must be provided 4-5 person.

This server will be calculating, analysis of targeted exome (NGS mapping, annotation of variants), to perform the analysis of small projects (small workflows, unique tool).

This Galaxy server is connected to other computing servers (2 servers linux 2x8 cores). An internal database will be accessible from Galaxy.

This deployment is to avoid consuming too much time in software development ...

Using a cluster is mandatory? In fact we are a small structure and a cluster requires hiring a dedicated computer engineer (which will increase budget ...)


Thank you again for your help
 
Antoine
 


De: Christophe Caron [mailto:[hidden email]]
Date: mer. 08/01/2014 22:40
À: Dave Clements; Antoine ROUSSELIN
Cc: [hidden email]
Objet : Re: [Galaxy-france] Configuration Serveur Galaxy

Bonsoir,

pour compléter le message de Dave, cela va dépendre évidemment du contexte.

Il faudrait disposer de plus d'informations sur les usages prévus
(nombre d'utilisateurs simultanés, etc.) et de l'architecture (connexion
à des ressources calcul externes, base de données externaliser ou pas,
etc.) pour préciser les choses.

Dans le cas où le serveur n'effectuera pas les calculs, le nombre de
cœur a surtout son importance si les étapes des workflows sont
nombreuses, et si on en lance simultanément un nombre conséquent.
Si les traitements se font en local, cela renforce évidemment ce point.

Galaxy ne consomme pas énormément de mémoire en tant que tel.

Ensuite, on pourrait discuter des I/O, connexions au SGBD...

Voilà pour ma courte contribution.


Le 08/01/2014 18:23, Dave Clements a écrit :


> Hi Antoine,
>
> First, I apologize for the response in English.  I am hoping that your
> English is orders of magnitude better than my French.
>
> Although this question gets asked a lot, there is no definitive answer.  It
> all depends on the type of analysis and the number of users.
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> Espérons que cette aide,
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> Dave C
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>>
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>> installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ?
>>
>> Par exemple, le société BioTeam propose :
>> - INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES)
>> - 384 GB RAM
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>> Merci d'avance pour votre aide
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>> Antoine
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