[Galaxy-france] Comment modifier le nom du job envoyé sur le cluster (pour une instance locale connectée au LDAP) ?

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[Galaxy-france] Comment modifier le nom du job envoyé sur le cluster (pour une instance locale connectée au LDAP) ?

Sarah Maman
Bonjour,

Je souhaiterai pour modifier le nom du job galaxy envoyé sur le cluster.
Par défaut, le nom du job est de la sorte : s125_AddVal , par exemple,
lorsque l'outil "add value" est lançé sur le cluster.
Je souhaiterai pouvoir modifier ce nom en ajoutant le login de
l'utilisateur sachant que mon instance de Galaxy est locale et connecter
au LDAP.
Pour ce faire, je pensais qu'il fallait modifier le fichier de
configuration de la sorte (ajout de l'option -N) :
universe_wsgi.ini :
# The URL for the default runner to use when a tool doesn't explicitly
define a

# runner below.
default_cluster_job_runner = drmaa://-q galaxyq -N username -V/

Mais je ne sais pas comment récupérer l'user name ou bien comment modifier le nom généré par défaut ?

Remerciements anticipés,
Sarah Maman


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Re: Comment modifier le nom du job envoyé sur le cluster (pour une instance locale connectée au LDAP) ?

Alban lermine
Bonjour,

Comme le runner utilisé est drmaa, je pense qu'il faut chercher du côté
du fichier:

$galaxy-dist/lib/galaxy/jobs/runners/drmaa.py

C'est ce script qui génère le job à envoyer au cluster (création de la
ligne de commande, récupération des paramètres, création du nom du job)

Lignes 171 et 172:

 job_name = "g%s_%s_%s" % ( job_wrapper.job_id, job_wrapper.tool.id,
job_wrapper.user )
 job_name = ''.join( map( lambda x: x if x in ( string.letters +
string.digits + '_' ) else '_', job_name ) )

Je pense qu'en modifiant la variable job_name, il devrait être possible
d'ajouter le nom d'utilisateur (job_wrapper.user).

J'ai le même genre de modifications sur notre instance locale (pour nous
il s'agit du fichier pbs.py), j'ai déconnecté l'envoi du job via une
librairie python pour le remplacer par un appel système dans lequel je
gère la ligne de commande utilisée, les options pbs passées, le nom du
job et surtout le user utilisé pour envoyer le job (le user applicatif
incarne le user qui demande l'envoi du job).

En esperant que ça aide..

Bonne journée!

Alban


--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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Re: Comment modifier le nom du job envoyé sur le cluster (pour une instance locale connectée au LDAP) ?

Alban lermine
En réponse à ce message posté par Sarah Maman
Salut,

As tu réussi à modifier les noms de tes jobs?

Si c'est le cas, peux tu nous faire un retour?

Merci d'avance!!

Alban

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Alban Lermine
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