[Galaxy-france] [APPEL A EXPERIENCE] Solutions techniques pour gérer un workshop de plus de 20 personnes avec Galaxy

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[Galaxy-france] [APPEL A EXPERIENCE] Solutions techniques pour gérer un workshop de plus de 20 personnes avec Galaxy

Alban lermine
Bonjour à tous,

Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les
mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40
personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne
marche du workshop.

En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les
accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques
embouteillages!).
Quoi faire?

     - Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants
(efficacité?)
     - Changer de serveur web pour G-WAN (http://gwan.com/) qui permet
de gérer plus d'accès concurrents
     - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un
système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et
préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes
serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque
participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et
réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.

Deuxième limitation, les temps de calcul.

     - Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs
propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus
interressant pour le participant)
     - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement
à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est
clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats.
     - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun
calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les
paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le
résultat).

Bref, je pense que ça  vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour
un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un
serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).

Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes
prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off
de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy".
Lien:
http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Program/Breakouts/BioinformaticsTraining

Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes
vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une
stratégie robuste.

Bonne journée,

Alban

NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements,
un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le
site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté
offline pendant 48h!


--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
[hidden email]
http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Alban Lermine
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Re: [APPEL A EXPERIENCE] Solutions techniques pour gérer un workshop de plus de 20 personnes avec Galaxy

Olivier Inizan
Boujour à tous,

Je crois qu'on peut aussi penser à utiliser les "galaxy pages" pour écrire
l'énoncé du workshop avec l'accès aux datasets, aux workflows, ... bref au
ressources galaxy.
L'utilisateur à la sortie du workshop peut donc tout rejouer en toute
indépendance.

++
O.


On Fri, 14 Sep 2012, Alban Lermine wrote:

> Bonjour à tous,
>
> Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les
> mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40
> personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne
> marche du workshop.
>
> En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les
> accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques
> embouteillages!).
> Quoi faire?
>
>     - Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants
> (efficacité?)
>     - Changer de serveur web pour G-WAN (http://gwan.com/) qui permet
> de gérer plus d'accès concurrents
>     - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un
> système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et
> préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes
> serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque
> participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et
> réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.
>
> Deuxième limitation, les temps de calcul.
>
>     - Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs
> propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus
> interressant pour le participant)
>     - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement
> à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est
> clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats.
>     - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun
> calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les
> paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le
> résultat).
>
> Bref, je pense que ça  vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour
> un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un
> serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).
>
> Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes
> prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off
> de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy".
> Lien:
> http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Program/Breakouts/BioinformaticsTraining
>
> Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes
> vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une
> stratégie robuste.
>
> Bonne journée,
>
> Alban
>
> NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements,
> un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le
> site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté
> offline pendant 48h!
>
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Re: [APPEL A EXPERIENCE] Solutions techniques pour gérer un workshop de plus de 20 personnes avec Galaxy

Christophe Antoniewski-2
Mais en fait....

C'est tellement évident et utile pour annoter en détail les analyses que ça existe peut-être déjà:

Existe t il un outil Galaxy pour créer et éditer des textes html ?

Christophe

Le 14 septembre 2012 16:38, Olivier Inizan <[hidden email]> a écrit :
Boujour à tous,

Je crois qu'on peut aussi penser à utiliser les "galaxy pages" pour écrire l'énoncé du workshop avec l'accès aux datasets, aux workflows, ... bref au ressources galaxy.
L'utilisateur à la sortie du workshop peut donc tout rejouer en toute indépendance.

++
O.



On Fri, 14 Sep 2012, Alban Lermine wrote:

Bonjour à tous,

Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les
mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40
personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne
marche du workshop.

En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les
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embouteillages!).
Quoi faire?

    - Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants
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de gérer plus d'accès concurrents
    - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un
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serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque
participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et
réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.

Deuxième limitation, les temps de calcul.

    - Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs
propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus
interressant pour le participant)
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à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est
clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats.
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calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les
paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le
résultat).

Bref, je pense que ça  vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour
un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un
serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).

Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes
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Alban

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Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement

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